Mit ihrer bedeutenden Sammlung von Kunstwerken - von Künstlern wie Raffael, Foppa, Savoldo, Moretto, Romanino, Lotto, Ceruti, Hayez, Thorvaldsen, Pelagi, Canella und Canova, um nur die berühmtesten Namen zu erwähnen -, gliedert sich die Pinakothek in einen aus 21 Sälen bestehenden Ausstellungspfad. Dieser soll dem Besucher die Komplexität des Museums und dessen Sammlungen nahebringen, indem er zu einer Überlegung über ihre Geschichte und die kritischen Leitlinien, die ihren Charakter von der Spätgotik zum frühen 19. Jahrhundert bestimmten, anregt.